在2013年4月十號，「食品安全驗證基金會」為因應「全球食品安全促進會 GFSI 」的認可，正式發行了改版的FSSC 22000組織認證要求以及驗證機構法規，而改版的條文內容可以在官網下載 www.fssc22000.com/en/index.php
基金會建議食品製造商以及其驗證機構應使用新版的「FSSC 22000 第三版」做為發證的基準，然而舊版與新版的轉換期間為六個月，到2013年10月31日為止。對於目前已經持有 FSSC 22000 : 2010或是2011的組織，基金會會給予認證轉換的過渡期，這轉換的過渡期約莫為一年，所有認證皆須在2013年5月31日以前轉換完畢。以下表格彙整出將會影響組織申請 FSSC 22000 認證改版的內容，其中需注意有些PJR的改變可能會影響組織。
| 章節 | 更改內容 |
| FSSC Part 1; Appendix 1A | 3. 特殊法規要求： 尋求通過認證的組織應確保原料與材料的規格符合所有適用法規的要求(如：禁止使用品的管控)。 5. 進料管理： 組織應導入系統以確保進料的檢驗是可以確保產品的安全，檢驗應由ISO 17025或是同等效力的實驗室進行。 |
| FSSC Part 1; Appendix 1B | 應進行監督審查(surveillance audit)並依照「監督審查行為準則」製作報告，「監督審查行為準則」可在網路上下載獲得。 |